Сотрудники лаборатории математических методов обработки изображений факультета ВМК МГУ и факультета фундаментальной медицины МГУ создали приложение, позволяющее студентам медицинских специальностей рассматривать полнослайдовые гистологические изображения так, как если бы они использовали для этого реальный микроскоп. Приложение уже используется в качестве инструмента самостоятельной подготовки к практическим занятиям по курсу патологической анатомии.
Универсальное кроссплатформенное программное средство PathScribe значительно упрощает работу с гистологическими изображениями, имеющими разные форматы, без потери качества конвертируя их в свой формат, позволяя быстро открывать и просматривать коллекции изображений, занимающие сотни гигабайт, даже при плохом качестве Интернет-соединения.
В отличие от других медицинских изображений с гистологическими довольно сложно работать: в силу большого разрешения и размера изображений (типичное разрешение одного изображения 100 000 на 100 000 пикселей, размер 3 гигабайта) их трудно и долго передавать и просматривать. Более того, гистологические изображения, снятые при помощи сканеров, произведенных разными компаниями, имеют разные форматы, из-за чего одновременно открывать изображения с разных сканеров крайне неудобно.
Новая программа PathScribe учитывает все эти особенности и способна работать с разными форматами, предварительно переводя их в свой собственный. Преподаватели курса патологической анатомии факультета фундаментальной медицины создали структурированное описание для каждого изображения в PathScribe.
«Под программу разработан специальный формат, который конвертирует исходные файлы без потери качества, что очень важно, и значительно уменьшает их “вес”. Благодаря этому изображения быстро загружаются даже с плохо работающим Wi-Fi. Это безусловное преимущество», – пояснил доктор медицинских наук, заведующий отделом клинической патологии Медицинского научно-образовательного центра МГУ, профессор факультета фундаментальной медицины Павел Мальков.
Программное средство PathScribe разработал кандидат физико-математических наук, научный сотрудник лаборатории математических методов обработки изображений кафедры математической физики факультета ВМК МГУ, победитель конкурса грантовой поддержки Некоммерческого фонда развития науки и образования «Интеллект» Александр Хвостиков под руководством своего научного руководителя, доктора физико-математических наук, профессора, заведующего лабораторией математических методов обработки изображений факультета ВМК МГУ Андрея Крылова.
«Новую программу мы апробировали в учебном процессе осеннего семестра этого года. И она показала свою эффективность – увеличилось количество препаратов, которые могут изучить студенты за одну лекцию. К тому же им больше не нужно для дополнительного изучения посещать аудиторию с микроскопами. Программой можно пользоваться, находясь где угодно, нужен лишь смартфон, планшет или компьютер для входа. PathScribe позволяет рассмотреть изображение на разных увеличениях и с разных полей зрения. Планируется масштабирование программы благодаря новому серверу, приобретенному фондом «Интеллект» для факультета ВМК», – рассказал доктор физико-математических наук, профессор, заведующий лабораторией математических методов обработки изображений факультета ВМК Андрей Крылов.
В ближайшее время приложение будет использоваться в учебных программах других российских и зарубежных вузов: программой заинтересовался Индийский институт технологий в Бомбее, с которым сотрудничает лаборатория математических методов обработки изображений факультета ВМК. Сейчас в меню программного обеспечения можно по выбору работать на русском или английском языке.