Фонд рукописей Института истории, языка и литературы УФИЦ РАН начал формироваться после организации в 1972 г. Южноуральского отделения Археологической комиссии в Уфе. По инициативе комиссии с этого времени стали проводиться археографические экспедиции. С 1973 г. Институтом истории, языка и литературы было организовано более 60-ти экспедиций, индивидуальных выездов, во время которых были собраны основные коллекции фонда. Часть фонда комплектовалась, продолжает комплектоваться за счет пода­ренных или купленных у частных лиц коллекций. В результате более чем 30-летней работы собран богатый фонд, включающий более 5,5 тыс. письменных памятников, из них - 2894 рукописей, 2771 книг, изданных в основном до 1917 г. Большинство книг и рукописей - арабографичных, они написаны на тюрки Урало-Поволжья, среднеазиатском тюрки, османском, арабском, персидском, а более поздние - на башкирском, татарском и казахском языках. Есть небольшое собрание церковнославянских книг, по своему происхождению в основном связанные с местными старообрядческими общинами. В Фонде представлены сочинения религиозного характера, литературные сочинения XIII-XIX вв., классическая восточная литература, исторические сочинения, башкирские родословные, истории деревень, периодика и др. В настоящее время Фонд занимается каталогизацией, научным описанием, публикацией находящихся в нем материалов. Начата работа по переводу материалов фонда на цифровые электронные носители. В последние годы проведена значительная работа по реставрации и хранению рукописей и старопечатных арабографичных книг фонда.