В музее существует несколько тематических залов: по нормальной анатомия человека, пренатальному развитию человека и его патологии, по патологии органов человека, а также с собранием моделей органов человека. Всего в музее института собрано 1200 влажных препаратов, гипсовых и пластмассовых – 48, а также 57 костных препаратов. Здесь представлены экспонаты, связанные с болезнями костной системы, органов сердечно-сосудистой, дыхательной, пищеварительной и других органов и тканей. Большую часть экспозиции занимают опухоли, а также макропрепараты органов при различных инфекционных заболеваниях. В коллекции музея имеются препараты, демонстрирующие изменения внутренних органов человека при интоксикации, а также гельминтозы и судебно-медицинские случаи. Большой интерес посетителей музея вызывают экспонаты, связанные с эмбриологией и аномалиями развития человека.