Владикавказский научный центр создан в 2000 году совместным решением Президиума Российской академии наук и Правительства Республики Северная Осетия-Алания для объединения и координации исследований по междисциплинарным, фундаментальным и прикладным проблемам науки, а также эффективного использования научного потенциала региона в интересах решения важнейших задач социально-экономического развития Республики Северная Осетия-Алания.